動物病院は1912(明治45) 年に家畜病院として開設され、わが国における酪農畜産や家畜診療の指導的役割を果たしてきました。1964(昭和39)年、当時としては東洋一の家畜病院として現在地に新築されましたが、その後老朽化が進み1994（平成6)年に大改修が行われました。2002(平成14)年、獣医学部附属施設から大学院獣医学研究科附属施設となり、2006(平成18)年には家畜病院から動物病院という名称に変更されました。四つの診察室、三つの処置室、大小二つの手術室、集中管理入院室、臨床血液検査室などを効率よく運用して、日常診療の中に臨床獣医学教育を取り入れています。多種類の動物血液を検査できる血球計数器、多項目血液生化学自動分析装置、多目的X線撮影装置、X線CT断層撮影装置、磁気共鳴撮像 (MRI) 装置、超音波診断装置、内視鏡システムなどを活用して、より高度な診断・治療が実施されています。研究科所属の教員が診療を兼任し、臨床研修獣医師、動物看護士および臨床系教室所属の獣医師である大学院生が、指導教員とともに診療に携わります。学部学生も予診や検査などを実際に行うことによって、診療を補助します。 　伴侶動物としての犬や猫が長寿になってきているのを反映して、老齢性疾患（慢性心疾患、慢性腎機能不全、腫瘍、内分泌性疾患、慢性皮膚疾患など）の診療が多く、高度な外科的処置が必要とされる疾患も増えてきており、地域における二次診療施設としての役割を担いつつあります。また、教育病院として学生の臨床教育ばかりでなく、臨床獣医師および海外からの研修獣医師の卒後教育の場としても活用されています。さらに、高次画像診断法、疾患遺伝子の遺伝子解析およびその検出法などの診断技術の開発、創傷治癒促進機序の解明、動物に負担の少ない抗腫瘍療法、疾病発生予防のための対策確立とその指導など、多方面からの臨床獣医学的研究にも活用されています。